Эмилбек Каптагаев Улуттук стратегиялык изилдөөлөр институтунун директору болуп дайындалды. Тийиштүү буйрукка Премьер-министр Мухаммедкалый Абылгазиев кол койду.
Эске салсак, апрель окуясынан кийин Каптагаев убактылуу өкмөттүн аппаратын жетектеп турган. Андан соң, Президенттин Аппаратынын жетекчиси, 2013-жылы Ысык-Көл облусунун губернатору кызматтарын аркалаган.