В 1877 году в город Каракол переселились беженцы-дунгане из Китая и основали здесь общину. В 1907 году сюда был приглашен архитектор из Пекина Чжоу-Сы, который вместе с группой строителей, насчитывающей около 20 человек  начал заготовку материалов для будущей мечети. 

Строительным материалом стали тянь-шаньская ель, карагач и местный тополь, также использовалось ореховое дерево для отделочных работ. Подготовка велась 3 года, и в 1910 году была возведена Дунганская мечеть, выполненная в лучших традициях китайского зодчества.