Его обвиняют в незаконной растрате бюджетных средств. Речь идет о сумме порядка миллиона долларов. По версии следствия, в 2013 году Саргсян оказал протекцию компании "Флеш". Она победила в гостендере на поставку дизтоплива в рамках поддержки фермеров, хотя предложила более высокую цену, чем ее конкурент.
Бывший глава государства не признаёт вину, называя преследование политическим. На президентском посту Саргсян оставался два срока. В апреле 2018 он был назначен премьер-министром республики. Это привело к массовым протестам сторонников оппозиционного движения, лидером которого стал Никол Пашинян. На фоне народных выступлений Саргсян подал в отставку.