Качеству медицинского обслуживания населения Баткенской области уделено особое внимание.
В отдаленных горных селах открыты и работают врачебно-акушерские пункты. Местные жители говорят, что, по крайней мере, часть их проблем решена. В приграничных населенных пунктах строят современные больницы на 75 койко-мест.