Основанием для ликвидации стали рекомендации Комиссии по реформированию судебной системы. Президент Алмазбек Атамбаев утвердил поправки в конституционный Закон "О статусе судей КР" и Закон "О внесении изменений в некоторые законодательные акты ". Документы разработаны для совершенствования правосудия в рамках реформы судоустройства. Они предусматривают упразднение военных судов в Кыргызстане с передачей соответствующих дел другим судам.